Las claves foráneas sólo puedes usarlas en Mysql 4.x.x en tablas de tipo InnoDB .. Para le versión de Msyql 4.1.x ya está previsto el soporte de cláves foráneas (y transacciones en general) para todo tipo de tablas incluidas las MyISAM.
Más info en:
www.mysql.com
Y en algunos artículos de
www.mysql-hispano.com
Un saludo,