Incluso para todo eso tienes las "capas de abstracción de BD" como por ejemplo:
AdoDB
http://adodb.sourceforge.net/
Y muchas más que veras en sitos como
www.phpclasses.org
Con esas "classes" (capas) puedes trabajar con un mismo código para llamar a várias BD de forma casi transparente (sólo cambiando SQL si corresponde en pocos casos).
Un saludo,