Lo mejor es que salga de dudas probando un ejemplo simple que uses GD .. En tu caso tu phpinfo() dice que las tienes instaladas ... y además que usas la versión 2.x de GD lo cual no te tendría que dar problemas en ningún caso. Si quieres probar algo más simple de GD:
www.php.net/gd .. ahí tienes ejemplos en todas las funciones relacionadas con GD.
Ahora, .. puedes tener problemas de otro tipo .. problemas con rutas u otros detalles que NO verás si siempre llamas a tus scripts que generan ese código por un tag de imagen <img src="generacodigo.php"> que es lo que se suele usar .. Para evaluar el problema debes llamar a ese "generacodigo.php" que genera tu imagen vía GD de forma directa por el URL:
http://www.tal.tal/generacodigo.php o similar y a ser posible quitar/comentar la línea que hace referencia a header() del mismo para que veas completamente los errores que obtengas. En función de ese error se podrá ver que pasa.
Un saludo,