Código PHP:
<?
$ficheroArray=file("fichero1.txt");
sort($ficheroArray);
$ficheroTexto=implode('',$ficheroArray);
$fichero2=fopen("fichero2.txt","w");
fwrite($fichero2,$ficheroString);
?>
fichero1.txt es el fichero que quieres ordenar y en fichero2.txt tendrás el fichero ordenado.