Prueba una cosa.
- Buscate e instalate los filtros vobsub
http://www.divx-digest.com/software/vobsub.html
- Pon los subtitulos y el video en la misma carpeta, y con el mismo nombre salvo la extensión. Por ejemplo pelicula.wmv y pelicula.sub
- Trata de pasarlo a VCD con tmpgenc. Configuralo según esta guia:
www.mundodivx.com/aviavcd/tmpgenc.php
Si hay suerte, saldrá subtitulado directamente. Lo mejor es que hagas primero una previa para confirmar que funciona.
Suerte