Yo recomiendo el virtualdubmod
¿Me puedes hacer un paso a paso a ver si encuentro el error? Ya que no es normal que se te desincronice
Asimismo viene bien que me des los datos de ese MPG, los puedes averiguar con el GSpot 2.52 que está en
http://www.headbands.com/gspot/gspot252dl.html (una captura de pantalla sería ideal)