¿Y qué características tiene el ordenador en cuanto a procesador, RAM, tarjeta gráfica, etc...? Si es lento es normal que se vean "a saltitos". Por lo demás, nunca instales un pack de codecs si no sabes cómo hacerlo (hay que elegir bien lo que instalar y lo que no para evitar problemas), por eso siempre digo que mejor se instalen los codec por separado, eso está resumido aqui:
www.mundodivx.com/varios/codecs.php
Quizá deberías reinstalar el sistema operativo más que nada para empezar de cero (de los 3 que mencionaste quedate con Win2000, es el más estable), pero primero dime lo de tu ordenador que te pedi...
Yo uso otro reproductor que en algunos ordenadores me ha sacado de apuros como los tuyos, es el Media Player Classic, lo puedes encontrar en
http://sourceforge.net/project/shown...ease_id=227046 (hay versión para Win2000/XP y otra para 98/Me). El bsplayer también es buena opción aunque hay casos en que me ha fallado (lo que tú decias de los puntitos verdes...)