En PHP puedes ejecutar aplicaciones usando las funciones:
exec().. system() .. etc
Ese tipo de aplicaciones deben ser tipo "consola": algo que haga algo pero que no interactue con el usuario (botones y demás ..)
Si usas VB .. tal vez lo que te vendría bien es convertir tus aplicaciones (la base) a ActiveX y trabajarlas desde HTML -> PHP
También podrías usar COM:
www.php.net/com
Pero esto se refire a usar .dll no a una aplicación completa "VB" .
Un saludo,