Pero .. a ver .. si tu no planteas bien el problema .. ahora escoges una forma .. y luego tendrás problemas mayores para hacer algo con esos datos ..
Si probates el ejemplo que puse .. en el bucle que ves (foreach()) .. ves los valores de los checkbox que seleccionastes .. así que ahí podrías meter tu actual INSERT (mysql_query("INSERT ......)) para ir creando un registro por valor seleccionado. Eso te vendrá muy bien para hacer estadísticas o busquedas concretas por ese dato más elaboradas.
También puedes hacer UN sólo Insert en un campo tipo VARCHAR que guardará esos ID's separados por comas usando la función implode() como muestra el link de las FAQ's que te dejé: ¿lo probastes? .. están ambas propuestas y explicado.
Si tienes más dudas sobre uso de un bucle tipo foreach()
www.php.net/foreach
Un saludo,