xcorpion
Podrías hacer usar otros GUI's para Mysql como por ejemplo:
Navicat
http://www.navicat.com
EMS Mysql Manager
http://www.mysqlmanager.com
Y si tienes acceso al mysql/data (o donde indique my.conf en su directiva correspondiente) .. (donde Mysql guarda las BD) podrías tomar los archivos que Mysql gestiona directamente (son 3 por tabla) y si .. en el servidor destino tienes igualmente acceso por SSH (Shell hasta ese mysql/data) podrías subir tus tablas por FTP (o SSH o lo que uses) .. Esto normalente no podrás hacerlo (entre por ejemplo .. tus BD y un servicio de hosting) ..
Un saludo,