No entiendo tu duda. Si sabes como generar los checks como seleccionado, ¿cual es el problema? Con un simple if miras si ese check tiene que estar marcado o no, y en funcion de eso generas el HTML de marcado o no. Algo como:
Código PHP:
<input type="checkbox" name="check" value="si"<?php if (marcado('check')) { echo ' checked'; } ?>>
donde marcado es una funcion que devuelve true si el checkbox cuyo nombre pasas como parametro debe estar marcado, false en caso contrario.
Asi para todos los checkboxes de tu form.
Saludos.