php-nuke es una aplicacion prefabricada, no se a que te refieres cuando dices mencionas PHP-nuke y querys de mysql. si estas hablando de PHP y Mysql en tonces las funciones que puedes utilizar para ejecutar querys son:
mysql_query(str_query)-> aqui ejecutas un query de mysql
recuerda que debes tener una conexion a un servidor mysql y una base de datos seleccionada para poder ejecutar correctamente un query, puedes ver tambien algunas otras funciones de php referentes a mysql en
http://mx.php.net/manual/es/ref.mysql.php
un saludo