a ver...por un lado tienes el script, que lo creas en un archivo de texto con extención .pl o .cgi
Si ya tienes el intérprete instalado en el servidor (verifica que tengas la carpeta cgi-bin) lo subes a esa carpeta, le das permisos de ejecución y listo, ya lo tienes funcionando.
Ahora bien, si quieres ejecutarlo en tu servidor local (apache en tu PC por ejemplo) te bajas en intérprete de perl y copias el script a tu carpeta cgi-bin dentro de tu directorio apache y listo, simplemente colocas la url correcta como ser
http://localhost/cgi-bin/miscript.pl
Como ves, es cuestión de donde lo quieres ejecutar, pero no debes hacer nada en la carpeta de perl, al menos que quieras ejecutarlos sin tener instalado el apache, para ello debes copiar el script dentro de la carpeta de PERL (en c:/) y ejecutarlo mediante MSDOS llendo a esa carpeta por la línea de comandos y ejecutar en ese directorio la sentencia
perl miscript.pl
Eso es todo, espero que te sirva