Depende de donde ejecutes tu aplicación .. tendrás que adquirir o no licencias.
Con respecto a PHP .. no necesitas licencia (sea de uso comercial tu aplicación o no)
Apache .. tampoco.
Sólo Mysql dispone de várias licencias según su uso. Para desarrollo y educacional es completamente gratuita y de ahí va subiendo según uso, además que hay otro tipo de pagos si deseas soporte. Puedes ver más información al respecto en:
https://order.mysql.com/
Pero, .. si como suele suceder, .. al final de todo subes tu aplicación a un servicio de hosting para correrla .. el que debería pagar esas licencias de uso es tu proveedor del servicio de hosting .. no tu. Bueno .. tu intrinsecamente ya lo pagas como costo más de tu plan contratado.
Un saludo,