Por mi parte he usando ambas versiones de Apache (y bajo Linux y Windows) .. en toda versión tienes tu httpd.conf .. también httpd.default.conf
Te recomendaría serguir la guía de instalación de:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
Por lo menos ahí ves que es lo que suele hacer un instalador de ese tipo como AppServer o similar.
Un saludo,