Puedes hacerlo de las dos formas ..
Si usas la opción 1 .. puedes tener en tu BD la referencia del archivo en sí (de cualquier tipo apuntando al archivo.tal que corresponda como nombre de archivo), un título del mismo y una breve descripción. De esta forma sólo buscarías en esas referencias .. la busqueda sería bastante rápida pero no del todo precisa (depende de las descripciones que hagas).
Si tu contenido de los artículos los guardas en tu BD a su vez .. puedes hacer buscadores usando técnicas de "Busqueda de texto completo" (o Full Text search) (si usas Mysql) para buscar de forma óptima en el texto del própio artículo . .incluso ofreciendo los resultados por n° de coincidencias en el documento.
De esto puedes ver un artículo en:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=15
En general en ese sitio veras artículos sobre Mysql (base de datos), sería recomendable leerlos si vas a usar Base de datos ..
Si usas la opcion 2 .. tendrás que "indexar" tus documentos para acelerar las busquedas. Esto implica tener ciertos scripts que cada vez que modifiques/crees nuevos artículos los abran y empiecen a ver que palabras se usan más para crear indices. Esos indices los pueden crear sobre Base de datos o sobre Archivos de texto plano .. pero en algún médio deben crearlos para agilizar las busquedas.
De este tipo de buscadores tienes en sitios como
www.hotscripts.com en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...rch/index.html
Un saludo,