Hola:
Lo de aplñicaciones prefabricadas con web modulares definitivamente de va a dar algunos o varios problemas si no usas muchas de esas aplicaciones puedes adactarlas a tu web modular, verifica todo los include() y require() que usa tu aplicacion y la ruta de los mismos, recuerda que cuando trabaja con web modulares la ruta de los archivos es muy importante definirla correctamente
Saludos
