Hola:
Lo de aplicaciones prefabricadas con web modulares definitivamente de va a dar algunos o varios problemas si no usas muchas de esas aplicaciones puedes adactarlas a tu web modular, verifica todo los include() y require() que usa tu aplicacion y la ruta de los mismos, recuerda que cuando trabajas con web modulares es muy importante definir la ruta de los archivos correctamente.
Saludos
