Seguramente porque la grabas mal. Sigue este tutorial, se trata de averiguar primero unos datos sobre el MPG, y luego en función de esos datos la grabas de una u otra forma:
www.mundodivx.com/grabacion/mpeg.php
Si a pesar de todo sigue recodificando, avisame, y me das los datos de ese MPG que los puedes sacar en tmpgenc como verás.