Conozco un programa llamado LogoMania, este programa sirve para hacer Logos animados, como por ejemplo la famosa barra movil que tiene abajo el comienzo de Win98. La "animación" consiste en que una parte del dibujo cambia de colores.
NOTA: No es tan facil llegar a lograr esa animación, yo en lo personal logré hacer que un reder con una cascada pareciera que el agua esta cayendo, no mal para ser el primer Logo que hice, pero no me dieron ganas de intentar hacer otro.
El programa se puede conseguir en:
http://www.pcmag.com/article2/0,4149,26968,00.asp
Existe un Tutorial en ingles para usar este programa en:
http://www.ntu.edu.sg/cits2/software/logomania.htm
Este tutorial te puede dar tambien pautas para hacer tu logo en PAINT