Lo que se tiene que cortar es la película. Tú cuando grabas un CD con el Nero, sólo tienes un MPG, y el nero es el que se encarga de añadir todas esas carpetas al CD, que no son más que archivos para que luego el DVD de salón reconozca el disco.
En tu caso, si ya tienes un disco grabado, tienes que usar el programa
dat2file para pasar el avseq01.dat de la carpeta mpegav a un archivo MPG en tu disco duro. Ese archivo MPG es el que tienes que cortar.
Luego para grabarlo, sigue este tutorial:
www.mundodivx.com/grabacion/mpeg.php Vale para cualquier tipo de MPG, en tu caso es VCD asi que tienes que grabarlo como CD de video estandar.
Saludos