No, no existe ningún problema .. lo único que debes hacer es respetar la sintax original de Javascript si lo "lanzas" desde PHP con tus echo por ejemplo. Es decir . .donde tenga que ir una comilla .. simple o doble .. respetarla .. donde tenga que ir un cierre de un tag HTML/javascript .. usarlo .. etc ...
A nivel de sintax .. para esos casos puedes usar sintax tipo:
Código PHP:
<?
// aquí PHP ...
?>
Tu javacript con la sinxtas normal ..
Si necesitas algo de PHP (una variabel .. etc) usa:
<? echo $variable ?>
etc ...
<?
// más PHP ...
?>
Así no te complicas con un echo por línea .. que no es necesario para tu caso ..
Un saludo,