En cuanto a tu máquina con Linux (servidor) .. tendrás que inslar várias cosas (si no dispones de ellas):
1) Compilar PHP con opción para las extensiones de MS SQL Server. O bien buscarte los RPM's para tu distribución de Linux (o equivalente) para instalar dicha extensión. En PHP para Linux no se "activan" las extensiones como en el caso de Windows sino que se ha de compilar PHP o bien para hacerlo fácil .. buscar esos RPM's.
2) Ya que tu BD, en este caso M$ SQL Server está en windows .. tendrás que instalar un "TDS" en Linux para poder acceder e tu BD SQL Server remotamente. Por ejemplo:
www.freetds.org
Todo esto lo menciona la documentación oficial de PHP sobre MS SQL Server.
www.php.net/mssql
Fijate en los comentarios de los usuarios de ese tema del manual oficial de PHP .. ahí veras por ejemplo un link hacia los RMP's (si usas Fedora como distribución de Linux .. ) para todo lo necesario para este tema:
http://phprpms.sourceforge.net/mssql
Un saludo,