Desde SQL podrías obtener las palabras que no se repiten y están en tu BD para que sobre ese grupo reducido de terminos .. obtengas su descripción .. así que en una página típica que sólo aparecen N terminos .. sólo tendras un array de javascript con esos N terminos para esa página .. Recordemos que las páginas las generas dinámicamente así que no es necesario y será más optimo que intentes hacerlo así que no generar ese "array" de javascript con esas 1000 definiciones * su tamaño.
No sé muy bien como afrontar la sentencia SQL (o sentencias) necesaria para obtener esas palabras que hay en el texto .. pero podría usar las técnicas de busqueda FULL Text search (busqueda de texto completo) que describe este tutorial:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=15
También podrías preguntar en el foro de Base de datos al respecto ya que pueden existir soluciones PHP+SQL o más SQL que PHP.
Un saludo,