Ok cluster ha funcionado como dices
Código PHP:
$uno=implode(", ", $_POST['municipio']);
$dos=implode(", ", $_POST['departamento']);
lo que guardo en la tabla de la base de datos son los indices, para luego hacer un INNER JOIN y mostrar la información acerca del municipio o departamento
en la tabla municipios esta como:
id_municipio
municipio
id_municipio es la clave principal