Bueno...
Te cuento que los saltos de línea sí están ahí... sólo que para el texto plano los saltos de línea se guardan como "\r"... en el código fuente del HTML generado se verán los saltos de línea... pero no se interpretarán en el navegador.... para eso deberás reemplazar esos saltos de línea "\r" por el tag "<br />" tal como te lo sugiere FuLaNo_.
Pero en tu caso específico, no es necesario hacer ese reemplazo "a mano" porque PHP ya provee una función que hace esa operación directamente.
$nuevoTexto = nl2br($viejoTexto);
Mira en el manual para más información:
http://www.php.net/nl2br
Saludos
