Según lo que comentas .. tu al entrar a tu servidor por FTP sólo tienes acceso a
var/www/misitio .. ahí tienes tu raiz y no tienes otros directorios por encima?
Si es así .. no podrás seguir las recomendaciones que has visto .. pues, tienes limitado el acceso total hacia tu "DocumentRoot" .. Es decir .. todo lo que ahí cuelges queda accesible por HTTP:
http://www.tal.tal/archivo.tal
Ya que hablas de proteger archivos (imagenes ..etc) tienes algunas funcionalidades que no sé si dispondrás de ellas en tu servicio de hosting:
Uso de .htacces o funcionalidad "hot link" ..
Con el uso de un .htaccess configurado .. puedes evitar que tomen archivos desde fuera de tu servidor (accesos directos) y protegerlos también con autentificación HTTP.
Pero todo esto es configuración de tu servidor HTTP .. no sé si "Apache" usaras .. (los .htacces se refieren a Apache).
Consulta con tu proveedor por si puedes usar "hot link" o .htaccess y .htpassword como para crear directorios protegidos .. Si no es así .. cambia de servicio de hosting xD .. hoy por hoy cualquiera (de pago eso sí) ofrece todo eso sin costo adicional.
Un saludo,