Suponiendo que ya tienes controlado el hecho de subir tus archivos (sean del tipo que sean) por HTTP .. con tu fomulario HTML y sus campos "file" (no por FTP! si vas a controlar el tema con PHP); .. esta classe te podrá ayudar a descomprimir tu archivo en el servidor para que luego apliques tus otras funciones de creación de thumbnails que seguramente ya usas basadas en la lectura de algún directorio de tu servidor (como uno de tantos ejemplos que hay en las FAQ's de este foro PHP):
http://www.phpclasses.org/browse/package/945.html
(tienes más en la misma web, creo que esta no descomprime .zip .. pero si .tar y otros . .revisa en ese deposito de classes por alguna que trabaje con .zip)
Un saludo,