Puedes usar FDF (Forms Data Format )
Un ejemplo integro desde PHP (sin más extensiones como las de
www.php.net/fdf)
http://www.koivi.com/fill-pdf-form-fields/
El problema de generar FDF es que si envias tu PDF creado dinámicamente por e-mail por ejemplo .. tienes que enviar dos archivos .. el PDF "plantilla" y el que contiene los archivos (un .fdf pequeño). Ambos son necesarios y uno vincula al otro (puede ser el fdf vincular al PDF o al reves ...
Si hay forma de "compilar" ese "FDF+PDF" la desconozco . .pero en el ejemplo que veras en el link anterior podrías ver como funciona este método que no requiere de nada más extra de PHP (podrías usar la classe FDF mencionada para PHP también), con el "problema" que describo.
Un saludo,