Cita: antes que alguien me diga sobre los permisos de las carpetas estoy mas que seguro que estan en 777 (con chmod)
Como te ha comentado CLuster, es la carpeta /var/www/html/ la que debe tener los permisos.
¿El fichero ya existia? Creo que para abrirlo para modificarlo PHP debe tener permisos de escritura sobre el fichero. Si lo subiste originalmente por FTP, puede que el fichero xxx.xls pertenezca al usuario FTP y PHP no tenga permisos para modificarlo.
Saludos.