No deberías usar PHP para eso directamente .. es decir .. no abrir ese path (ruta/directorio) que contiene tus mensajes .. Entre otras cosas por qué tendras que "parsearlos" (indentificar e interpretar el formato de estos).
Lo normal es que te conectes por POP/IMAP a tu servidor de correo para obtener esos e-mails según el standar correspondiente. En PHP tienes funciones como las de IMAP:
www.php.net/imap y vía sockets tienes muchas "classes" para conectarte a un servidor POP. Eso incluirá ya su correspondiente autentificación contra ese servidor y cuenta en concreto.
De todas formas .. si es que tuvieras PHP configurado de forma que puedas "salir" a ese directorio a leerlo ..podrías usar las funciones típicas de archivos: opendir(), fopen() .. etc para listar tus archivos .. buscar el que necesites o verlos todos y abrir alguno en concreto .. Lo demás (el proceso en sí) dependerá del formato de esos e-mails que supongo que tendrán todas las cabeceras HTTP, .. los archivos codificados en Base64 .. etc . etc ...
El tema de autentificarte .. PHP al salir al sistema operativo lo hace bajo cierto usuario: "nobody" o el que use "Apache" o tu servidor HTTP en general (dependiendo de la instalación de PHP sobre tu servidor HTTP). COmo veras .. ese tipo de usuarios no tiene suficientes permisos para hacer casi nada .. Tendrías que cambiar de usuario con algúna utilidad (para linux) tipo "sudo" y de ahí seguir ejecutando el comando que requieras ..
Desde PHP "sales" al sistema operativo (a "linea de comandos") con funciones como system() .. exec() y afines:
www.php.net/system
Un saludo,