Sí sucede también cuando tienes NTSC, depende de muchos factores, puede que tú hayas tenido la "suerte" de que sólo te ha pasado con archivos PAL.
Otra cosa que puede ser es que el codificador que uses para pasar a MPG tenga predefinido un GOP de 18, de ahí que cuando hagas PAL dé error (el máximo serían 15) y cuando hagas NTSC no lo dé. Pero si haces un NTSC con un GOP de 19 verás un bonito aviso
Saludos