El DVD Shrink en modo reauthor no mantiene los menús, hagas lo que hagas. Pero una cosa que sí puedes hacer, es extraer el DVD al disco duro y hacer una nueva autoría con TMPGEnc DVD Author, creándote tú unos menús personales sencillitos. Ese programa acepta como entrada un DVD, de modo que en principio sólo quedará la peli principal y luego tú le creas los menús.
Una opción mejor es que extraigas con el DVD Decrypter el video y audio por separado (en la opción modo -> IFO, usando en stream processing la opción de demux para video y audio). Luego con el tmpgenc dvd author añades el archivo M2V como video y el de audio como audio (si el audio es AC3, tendrás que tener además instalado el plugin AC3 para ese programa).
La opción de Nathan quizá funcionaría, pero no te lo aseguro, habría que probarlo
Un saludo
