En las FAQ's de este foro tienes un ejemplo que hasta usa la opción "resume" (para que tus descargas si se cortan las puedas volver a retomar).
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post306781/
Se trata básicamente de componer las cabeceras HTTP adecuadas para indicar a tu "cliente" (navegador) que el archivo es para descargar y hacer que PHP "lea" el arhivo y lo entregue al buffer de salida.
Las propuestas que mencionana tipo que el archivo sea un .exe .. o un .zip .. el hecho de que el navegador de turno lo interprete como archivo a "descargar" es simplemente por qué todo lo que no asocia a algún "plug-in" o aplicación (como los .doc, .pdf .. las imagenes .. etc si es que tienen software asociado a esas extensiones ..) será descargado.
Un saludo,