podrias especificar mas cuales son las tareas que debe realizar tu script como para determinar mejor cual puede ser la solucion?
una de las cosas que podrias ver es de fijar al principio del script set_time_limit(0);
set_time_limit() no tiene efecto cuando PHP se ejecuta en safe mode (modo seguro). No hay otra opción que que desactivar el modo seguro o cambiar el límite de tiempo en el php.ini
una pregunta, hay un apache corriendo en ese hosting windows o es php como CGI?
la verdad se me terminan las ideas
saludos