Saludos...
La pregunta es para otro foro... pero en fin. Para cambiar los permisos puedes utilizar el mismo programa FTP que utilizas para subir tus archivos. Estos permisos se utilizan principalmente para la configuración de permisos de los CGI, se denominan permisos CHMOD... selecciona tu archivo en el programa y elige la opción y luego marcas todos las etiquetas... otra forma es escribir algo como "chmod archivo.cgi 777" (todo depende del programa que estés utilizando).
P.D.: 777 significa que estás dando todos los permisos a todo... todo a todo
CyA! & GooD LuCK ;)