¿Te refieres a que tienes que crear links tipo?:
Código PHP:
<a href="bajar.php?archivo=blabla.zip">bajar blabla.zip</a>
Bueno .. ese "?" es el caracter que se usa para definir que lo que va despues de tu nombre de tu script.php que vas a ejecutar .. son el "query string" (o variables) .. ahì hay una variable "archivo" y un valor "blabla.zip" .. por poner un ejemplo .. por què podrìa ser "id=1" o cosas asì .. todo depende como "localices" a tu archivo bajo la referencia que le pases a tu script php de "bajar.php" que Tienes que crear y que mas o menos es como los ejemplos que aquì y en la FAQ que te recomendaron veras.
Un saludo,
Un saludo,