Pero .. que còdigo de "web modular" estàs usando .. ¿validas tus "mod=....? .. o que es lo que realmente quieres hacer.
Si tu haces un simple link tipo:
<a href="loquesea.html">nose</a>
te deberìa llamar a esa página .. eso sì "desechando" toda tu estructura "modular" .. pues no pasa por tu "index.php" o el script que controla los "modulos".
Un saludo,