Lo que no sé es cómo haces para pasar los videos a VCD, de todas formas si estas usando el nero para hacer la codificación, ése es el problema. Para hacerlo te sugiero que uses otro programa. Te dejo unos manuales que te pueden servir, usando tmpgenc o canopus procoder, y verás que se pueden añadir las bandas negras para que no se "estire" la imagen:
www.mundodivx.com/mpeg/index.php