Si hablas de que abres una ventana con javascript .. que tienes unos elementos en tu formulario que has de pasar al script que abres en la llamada de tu window.open() .. tendras que tomar los valores de tus elementos del formulario vìa javascript para componer tu URL que vas a llamar en el window.open .. pero todo esto con javacript.
Algo tipo:
Código PHP:
<input type="button" name="nose" value="nose" onClick="window.open('nose.php?variable=+document.formulario.radio.value','blabla','....')">
Concretalo en el foro de Javascript .. y recuerda que "todo" lo que suceda antes de enviar tus datos al servidor se ha de controlar con Javascript u otros lenguajes del lado del cliente.
Nota .. en tu script PHP .. recibiras tus variables por GET (ya que van en el URL).
Un saludo,