Hola,
Cita: campo autoincrement pero al tratar de insertar un nuevo registro me manda este error:
#1062 - Duplicate entry '65535' for key 1
Bueno, el motivo es muy sencillo. 65535 es el valor maximo para un campo smallint sin signo (
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Numeric_types.html). Cambia el tipo de columna a algo mas grande (int unsigned por ejemplo) y volvera a funcionar.
Saludos.
PD: 2^16 - 1 = 65535