creo que la el remarco el subdirectorio cgi-bin por el simple hecho de que casi siepre cuando entramos por primera vez a nuestro host, ese directorio ya existe, junto a otros.. (mail, backups, etc, tmp...).
Creo que hoy en dia deben quedar pocos servidores en los que no puedas usar ambas maneras de uri:
http://dominio.ext y/o
http://www.dominio.ext, a no ser que sean dubdominios, alli, la mayoria de las veces, combiene no poner la
www., ya que muchas veces los dubdominios que nos ofrecen son pseudominios, es decir, virtuales... (mm virtual no es la palabra justa pero no se me ocurre otra).
URI normal:
http://www.dominio.ext/directorio/archivo.ext http://dominio.ext/directorio/archivo.ext
URI Subdominio:
http://directorio.dominio.ext/
En fin...