Si dices que usas session.use_cookies = ON (1) .. el SID se propaga por la cookie preferentemente . .es decir . .PHP toma el valor propagado en la cookie y si no está .. toma tus SID que propagas en el URL (sea semi-automático usando: session.use_trans_sid = ON .. o bien completamente manual si usas SID como constante y lo haces en tus links).
Por ende .. el tiempo de expiración del SID el que afecta en principio es el que define la duración de la cookie que PHP crea para la propagación del SID en cookies y en última instancia la que PHP le dá a un SID válido (...gc_maxlifetime).
Si quieres configuraciones diferentes para tus aplicaciones .. debes forzarla en todo script que uses o bien creando .htacces con tu configuración particular para cada aplicación.
Por ejemplo usando ini_set() para forzar tal forma de propagación del SID .. por ejemplo en tu caso si quieres hacerlo manualmente .. usar:
Código PHP:
ini_set("session.use_trans_sid","0");
ini_set("session.use_cookies","0");
Pero .. te recomiendo encarecidamente que propages el SID en cookies .. son más seguras vs que tu cliente (navegador) ha de aceptar cookies.
Un saludo,