En Linux tienes una aplicación llamanda "sudo" para cambiar de usuario y así tomar los privilegios de alguien como un "root" o lo que necesites para ejecutar el resto de comandos que requieras.
sudo
http://www.courtesan.com/sudo/
Es decir .. desde PHP .. tienes que ejecutar un exec() o system() o funciones afines para ejecutar sudo y ahí cambiar de usuario al que requieras con la autentificación que necesite bajo los parámetros que ahí en "línea de comandos" indicaras.
Luego . .continuar con tus exec() que correspondan para ejecutar tus comandos.
Las funciones como exec() .. system() y demás que habrás visto .. no tienen parámetros para ejecutar tus comandos pues el "parámetro" de ejecución al S.O. es una cadena con lo "mismo" que escribirías si estubieses delante de tu "consola".
Ejemplo ...
Código PHP:
$ping="127.0.0.1";
exec("ping $ip");
De todas las funciones que veras en:
http://www.php.net/exec
hay algunas que pueden retornar lo que la "consola" arrojará como resultado tras la ejecución del comanto .. también puedes recoger un código de error de como se ejecutó el comando en sí de PHP (exec() o la función que corresponda) además de la salida del própio S.O. ante la ejecución de tu própio comando ...
Un saludo,