Cualquier sistema de usuarios que hagas . .para "relacionarlo" con sus datos en tu sistema debes guardarte el "ID" del usuario que lo crea .. como para que luego puedas ofrecer a ese usuario sus datos filtrados ..
Ejemplo . .en tus BD quedarían con una relación 1-N (1 usuario N registros de otra cosa ..)
tabla usuarios
id_usuario
nombre
contraseña
etc ...
tabla otra_cosa
id_cosa
id_usuario
campo
campoN
etc ..
Todo esto no es cosa de "PHP" en principio sino del diseño y modelo de datos que requieres .. Te recomiendo la lectura de los tutoriales sobre Base de datos, SQL y normalización (entre otros interesantes que ahí encontraras) de:
www.mysql-hispano.com para que entiendas este concepto de diseño de "base de datos" ..
Luego ya vedrá como "usarlo" con PHP .. De hecho mi sistema "Autentificator" ya te permite hacer el "login" de tu usuario completamente controlado y vía sesiones te pone a tu disposición (de tu aplicación) unas variables de sesión para que "sepas" quien está usando tu sistema .. así que bajo esa variable de sesión (ejemplo: id_usuario que guarda en una sesión) puedes hacer tus consultas SQL filtradas para "enseñar" a tu usuario sus datos .. o bien ingresar los registros a tus BD de que eso lo hizo tal usuario (tal ID_usuario) en el campo que corresponda de tus tablas de tu BD.
Un saludo,