Primero deberías hacer una lista de "pasos" que el usuario debería hacer si lo instala manualmente. Por ejemplo, "copiar los archivos de la carpeta tal", o "editar el archivo tal y poner el nombre de usuario", etc...
La idea es que trates de hacer la instalación manual en la menor cantidad de pasos posibles (eso depende de la etructura y el diseño de tu software).
Luego haces un archivo "install.php" que ejecute todos esos pasos automáticamente.
La idea es que el usuario sólo deba escribir en su navegador algo como:
http ://localhost/install.php
Y eso debería hacer casi todo el trabajo por él.
Saludos
