Hola gusyegros
Lo que dices no es del todo cierto. Existe un parámetro del flash que permite que la película quede detrás de lo demás (por supuesto que esto lo he descubierto recientemente). En internet explorer funciona perfectamente pero en netscape, por lo que he probado yo, sólo funciona a partir de la versión 7.2.
Posteo el código por si puede servir a alguien (en rojo lo que hay que añadir al código habitual):
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="477" height="277">
<param name="movie" value="pelicula.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="opaque">
<embed src="pelicula.swf"
wmode="opaque" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="477" height="277"></embed>
</object>
<param name="wmode" value="opaque"> hace que funcione en explorer, y wmode="opaque" dentro de la etiqueta embed hace que funcione en netscape