Deberías usar técnicas de "Web modulares" .. para "emarcar" tus scripts individuales bajo un "diseño" único que lo envuelva ..
Tienes un tutorial al respecto en:
Empieza por:
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post265278/
Y luego:
http://www.zonaphp.com/articulo34.php
Eso sí .. el control de un script que a su vez al terminar el proceso no es tan sencillo.
(a malas usar frames de HTML .. aunque no te lo aconsejo para nada ..)
Un saludo,