Principal diferencia :
Mozilla soporta de manera excelente el estandar oficial, como Opera y Safari. O sea que si lees la norma CSS, la aplicas y se muestra igual o casi en Mozilla/Opera/Safari
IE tiene un soporte bueno de CSS1, fatal de CSS2, nada de CSS3. Aqui tienes unos de sus bugs mas encontrados :
http://www.positioniseverything.net/explorer.html