Hola,
La guerra visual entre navegadores se lucha en las arenas de XHTML, CSS y javascript. Visualmente, PHP solo genera el HTML que le especificas, es un mero espectador.
Otra cosa son las guerras de cookies, redirecciones, caches y otros asuntos que los navegadores pueden interpretar de forma "diferente", que son mas problemas a nivel de cabeceras HTTP, en las que PHP si puede intervenir.
Define los problemas que tienes a cada nivel, y preguntalo en el foro correspondiente.
Saludos.